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A história do jogo se passa depois que Raiden , o deus do trovão de Earthrealm, e Superman , o defensor de Metrópolis, repelem invasões de ambos os mundos. Um ataque de Raiden e Superman simultaneamente em seus universos separados causa a fusão dos vilões de Mortal Kombat e DC, Shao Kahn e Darkseid , resultando na criação de Dark Kahn, cuja mera existência faz com que os dois universos comecem a se fundir; se fosse permitido continuar, resultaria na destruição de ambos. Personagens de ambos os universos começam a flutuar em poder, tornando-se mais fortes ou mais fracos.
